简化基因组测序

        简化基因组测序（Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS）是对部分基因组进行序列测定。它是指利用生物信息学方法，设计标记开发方案，富集特异性长度片段，应用高通量测序技术获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。

        2b-RAD是2012年wang等推出基于II B型限制性内切酶的大规模SNP标记开发和分型的技术（Nature Methods（Wang et al, 2012））。该技术克服了RAD-Seq、GBS等技术的缺点，通过基因组酶切产生等长的33-36bp的酶切标签，标签富集后测序分析，实现全基因组范围高通量SNP筛查和分型分析。

华埔的服务:

1.具有极强的灵活性，标签数目多少可控

2.标签长度一致，PCR时具有一致的扩增效率

3.标签具有位置特异性，不依赖于参考序列和组装结果

4.除可利用共显性标记SNP之外，还可以利用显性标记

5.基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型新算法（iML），可有效去除重复序列对分型的干扰，分型准确率明显优于目前已有算法，假阳性降低高达20%

应用方向:

1.高密度遗传图谱及QTL精细定位

2.群体遗传学研究

3.群体进化分析

4.全基因组关联分析

项目流程:

技术参数:

1.样本类型：基因组DNA，样本总量≥1 μg， 样本浓度≥200 ng/μL

2.基因组标签平均密度：2kb

3.标签平均深度：≥20X

4.分型准确率：≥95%

5.项目周期：60个工作日

分析内容:

基础信息分析

1.数据预处理

2.高质量标签获取

3.标签聚类

4.基于iML算法的SNP分型

5.标记分离分析

6.遗传图谱构建


定制信息分析内容
1.QTL定位（需客户提供表型数据）

2.遗传图谱整合（需客户提供原图谱数据）

3.全基因组关联分析



备注：

1.物种：待测样品为二倍体生物，对于多倍体物种暂不适用

2.样品背景：明确的作图群体间的亲缘关系，检测子代个体数≥100