全基因组甲基化测序
DNA甲基化是在DNA甲基化转移酶的作用下将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5-甲基化胞嘧啶的过程。全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是将重亚硫酸盐处理方法和高通量测序平台相结合,对有参考基因组的物种进行全基因组水平的甲基化研究,是一种可覆盖全基因组甲基化位点并达到单碱基分辨率的甲基化检测技术。
DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,在基因表达调控中具有重要的作用。DNA的甲基化状态对染色体的结构维持、X染色体失活、基因印记以及胚胎发育、正常细胞功能维持,乃至疾病、癌症发生都是十分重要的。
项目流程:
技术参数:
1.样本类型:基因组DNA,样本总量≥5 μg,样本浓度≥100 ng/μL
2.项目周期:50个工作日
分析内容:
1.数据质控
2.与参考序列比对
3.C位点覆盖度统计、比对率统计、测序深度统计
4.甲基化分析
1)甲基化水平统计
2)全基因组甲基化水平统计
3)染色体水平甲基化密度分布
4)不同基因组功能元件甲基化分布统计
5)CpG,CHG,CHH甲基化比例统计
5.差异甲基化区域(DMR)分析
1)DMR相关基因功能注释
2)DMR相关基因富集分析