宏转录组测序

       宏转录组测序是指以环境中微生物的全部RNA为研究对象，从整体水平上研究某一特定环境，特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律；也即从转录水平研究复杂微生物群落变化，研究各个微生物成员对整体环境的贡献，即各微生物的功能和功能间的相互作用所带来的调控机制。相较于宏基因组，宏转录组能从转录水平研究复杂微生物群落变化，能更好的挖掘潜在的新基因、差异表达的基因及其功能以及代谢通路的构建。

技术优势:

1.宏转录组研究采用先进的测序平台

2.高通量覆盖可全面检测生态环境中的微生物信息

3.充分挖掘样品中存在的微生物多样性及动态变化情况

4.广泛应用于肠道内容物、土壤、水体等研究中

分析内容:

1.测序数据质量评估：过滤掉低质量数据，保证数据质量
2.基因预测：基因预测及相关性分析
3.物种、功能注释：物种、基因功能注释及相关分析
4.CAG(Co-abundance genes)：疾病和菌株关联研究
5.CNV(copy number variation) 菌株拷贝数变异与疾病关联研究
6.ARDB：耐药基因相关分析
7.噬菌体：噬菌体及前噬菌体预测及分析

样品要求：

1.样品类型：总RNA
2.样品浓度：≥200 ng/ul
3.样品总量：≥3ug
4.样品纯度：OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0；无基因组DNA污染