细菌denovo测序

        细菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序，样品基因组测序后从头开始组装。根据物种本身的特点和测序深度的不同，最终的组装结果会存在一定的差异。对于细菌样品，最高可组装成一条完整的序列。根据组装结果，可预测细菌基因组中包含的基因，通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。在病原菌的致病性、疾病的预防和治疗等方面有广泛的应用。

       根据不同的研究目的与需求，以及不同的组装程度需求，细菌基因组测序提供以下两种产品类型：细菌框架图、细菌完成图。

项目流程：

技术参数：

分析内容：

1.数据质控；

2.Denovo组装；

3.基因组组分分析（基因岛、重复序列、非编码RNA、基因预测、CRISPR、前噬菌体）；

4.基因功能注释（COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot）；

5.致病性分析（分泌蛋白预测、PHI、VFDB、ARDB、CAZy）；

6.比较基因组分析（共线性分析、Core-pan分析、进化分析）